石头城遗址公园是秦淮河环境综合整治工程的试验段工程，于2002年10月开工，2003年5月建成对外开放。2008年底，秦淮河建设开发公司对照国家3A级旅游景区标准，开始对石头城遗址公园进行提档升级，新建了游客中心、停车场，更新改造了公厕，规范设置了景区导视系统等。据统计，6年来，公园已累计接待海内外游客逾500万人次。